Boa parte do conflito religioso no ensino de evolução se da pelo não entendimento de como funciona a ciência e de como é construído uma teoria, como ela é provada e o que é o método científico. Sendo assim outra estratégia a ser realizada é exatamente explicar como a ciência funciona.

Os estudantes de ciências estão sujeitos a um processo no qual devem apropriar-se de uma segunda cultura, a aprendizagem de ciências pode ser comparada a aprendizagem de uma segunda linguagem (COBERN, 1996). Esta linguagem possui características próprias como relatado por Mortimer (1998) que é a nominalização, ou seja, na linguagem científica os verbos são retirados e a ausência de voz, ou seja, a voz é sempre passiva.

Nos PCN+ o ensino de biologia possui o desafio de possibilitar ao aluno a participação nos debates contemporâneos que exijam conhecimento da biologia, promovendo o raciocínio crítico, fazendo o mesmo refletir suas ações no dia-a-dia, sendo assim o professor tem que usar a alfabetização científica nos mesmos, tal como a aquisição de vocabulário básico, compreensão do método científico e compreensão do impacto da ciência e da tecnologia sobre a sociedade.

O aluno, assim com o professor, tem que entender os modelos teóricos, a relação entre evidência, fato, teoria e experimentação, além de entender a natureza da ciência (ASTOLFI e DEVELAY, 1991).

Entender como a ciência funciona permite uma constante releitura e estimula reflexão, o que proporciona o entendimento que não existe um desenvolvimento linear e cumulativo da ciência, mas ao contrário, uma condição onde as vezes para avançar no conhecimento é preciso regressar as ideias e posicionamentos (OLIVEIRA, 1995).